La UNAD tiene cuatro sistemas estratégicos:

Sistema de alta política universitaria

Es el alto gobierno de la universidad y responsable de la definición y formulación de las políticas y planes institucionales. Está conformado por:

• Consejo Superior Universitario 
• Consejo Académico  
• Rectoría

Sistema Misional

Integra las unidades y estrategias que responden al cumplimiento de la misión y las responsabilidades sustantivas de la Universidad. Está conformado por:

• Vicerrectoría Académica y de Investigación
• Vicerrectoría de Servicios a Aspirantes, Estudiantes y Egresados
• Vicerrectoría de Desarrollo Regional y Proyección Comunitaria
• Vicerrectoría de Medios y Mediaciones Pedagógicas
• Vicerrectoría de Relaciones Internacionales

 Sistema funcional

Integra las unidades y estrategias para la observancia de la misión y el aseguramiento de la sostenibilidad, modernización y calidad del modelo de gestión. Está conformada por:

• Gerencia Administrativa y Financiera
• Gerencia de Calidad y Mejoramiento Universitario
• Gerencia de Innovación y Desarrollo Tecnológico
• Gerencia de Relaciones Interinstitucionales
• Gerencia de Talento Humano
• Oficina Asesora de Planeación
• Oficina de Control Interno
• Oficina de Control Interno Disciplinario
• Secretaría General

 Sistema operacional

• Escuela de Ciencias Administrativas, Contables, Económicas y de Negocios
• Escuela de Ciencias Agrícolas, Pecuarias y del Medio Ambiente
• Escuela de Ciencias Básicas, Tecnologías e Ingenierías
• Escuela de Ciencias de la Educación
• Escuela de Ciencias Sociales, Artes y Humanidades
• Escuela de Ciencias de la Salud
• Escuela de Ciencias Jurídicas y Políticas
• Unidad Académica Especial: Instituto Virtual de Lenguas
• Direcciones zonales