La UNAD, como ente universitario con autonomía especial para contratación, régimen especial salarial para sus docentes (Decreto 1279/02), manejo especial en la administración del presupuesto y aportes especiales por parte del Gobierno Nacional (Art. 87 Ley 30 de 1992), está vinculada al Ministerio de Educación Nacional y con los siguientes Entes Universitario Autónomos:
- Universidad Colegio Mayor de Cundinamarca
- Universidad de Antioquia
- Universidad de Atlántico
- Universidad de Caldas
- Universidad de Cartagena
- Universidad de Cordoba
- Universidad de Cundinamarca
- Universidad de La Amazonía
- Universidad de la Guajira
- Universidad de Los Llanos
- Universidad de Magdalena
- Universidad De Nariño
- Universidad de Pamplona
- Universidad de Sucre
- Universidad del Cauca
- Universidad del Quindío
- Universidad del Tolima
- Universidad del Valle
- Universidad Distrital Francisco José de Caldas
- Universidad Francisco de Paula Santander
- Universidad Industrial de Santander - UIS
- Universidad Militar Nueva Granada
- Universidad Nacional Abierta y a Distancia - UNAD
- Universidad Nacional de Colombia
- Universidad Pedagógica Nacional
- Universidad Pedagógica y Tecnológica de Colombia
- Universidad Popular del Cesar
- Universidad Surcolombiana
- Universidad Tecnológica de Pereira
- Universidad Tecnológica del Choco Diego Luis Cordoba